Atkārtoti lietojamas ūdens pudeles bieži satur lielu baktēriju daudzumu, tostarp streptokokus un fekālās mikroorganismus.
Iemesls — nepietiekama to īpašnieku higiēna. Pētījumi ir parādījuši, ka pudeles ārējās virsmas praktiski vienmēr ir piesārņotas, bet iekšpusē bieži tiek atrastas baktēriju kolonijas, kas pārsniedz sanitāros standartus dzeramajai ūdenim.
Galvenie piesārņojuma avoti ir bieža vāka un kakla saskare ar rokām un muti, kā arī saldu vai krēmīgu dzērienu lietošana, kas rada labvēlīgu vidi mikroorganismu augšanai. Vienkārša skalošana ar ūdeni problēmu neatrisina: baktērijas un biofilmas saglabājas grūti pieejamās vietās — šaurajos kaklos, vārstos un blīvēm.
Lai atkārtoti lietojama pudele būtu droša, to regulāri jāmazgā ar karstu ūdeni un ziepēm, jāizmanto sukas iekšējām sienām un sīkām detaļām, jāizjauc un rūpīgi jāizžāvē visas daļas atsevišķi. Pareizi kopjot, pudele kļūst par uzticamu hidratācijas līdzekli, nevis mikrobu nesēju.