No Ķīnas.
Daudzi uzskata, ka pundurkoku un miniatūru augu audzēšanas māksla radusies Japānā. Tas saistīts ar to, ka pats vārds «bonsai» veidojies no diviem japāņu terminiem — «bon» un «sai», kas attiecīgi tulkojas kā «trauks» un «stādīt, audzēt».
Patiesībā tradīcija veidot lielu augu mazās kopijas podos nāk no Ķīnas, kur pirmie attēlojumi miniatūrām ainavām ar veģetāciju parādījās jau 200. gadā pirms mūsu ēras. Tikai XI gadsimtā japāņu mūki, kas Ķīnā studēja budistu filozofiju, atveda bonsai uz savu dzimteni.
Sākumā šo nodarbi varēja atļauties tikai ļoti turīgi cilvēki, taču laika gaitā dzīvo miniatūru audzēšanas māksla kļuva pieejama visiem, kļūstot par nozīmīgu Japānas kultūras daļu. Japānā izveidojās sava bonsai skola, kur paralēli pundurkoku stādīšanai, kuru augstums bija aptuveni 54 cm, attīstījās arī mākslīga dažādu koku sugu kultivēšana, kuru skaits līdz XIX gadsimta beigām sasniedza trīs simtus.
Bonsai sāka iekļūt Eiropā tikai XX gadsimta sākumā, un tikai 1937. gadā, Pasaules izstādē Parīzē, plaša publika varēja iepazīties ar šo neparasto mākslas formu.
